Святитель Никодим сын священника Костромской епархии Василия Кроткова. Окончив Костромкую духовную семинарию, женился и был священником в селе Тезино, Кинешемского уезда, Костромской епархии. В 1895 году в его жизни случилось горе - умерла жена и дочь. После этого он поступил в Киевскую Духовную Академию, был пострижен в монашество и после окончания обучения в стенах Академии направлен на служение во Владикавказскую епархию на должность смотрителя епархиального мужского духовного училища.
Правящим архиереем в епархии в это время был епископ Владимир (Сеньковский), неутомимый труженик на ниве Христовой. При нем епархия обретала свои должные черты. Налаживалась духовная жизнь, строились храмы, образовывались образовательные заведения, был учрежден епархиальный печатный орган «Владикавказские епархиальные ведомости». Отец Никодим во время своего пребывания в епархии стал деятельным помощником епископу Владимиру, в полной мере и с активным рвением выполняя все возложенные на него послушания.
Получив назначение на должность смотрителя (директора) училища и прибыв на свое место, отец Никодим застал само училище как хорошо организованное и отлично функционирующее учебное заведение. Однако, он сумел найти решения для еще большего улучшения жизни и работы училища. При нем училищное здание было расширено, и благодаря этому проявилась больница для учеников и жилые помещения для преподавателей и работников, которые жили при училище. Учебный процесс был поставлен так, что помимо обучения наукам, в учениках развивали ремесленные навыки. Это дело было поставлено так, что сам ученик мог выбрать нравившееся ему дело, петь в хоре, обучаться игре на каком-либо музыкальном инструменте или трудиться в училищном фруктовом саду. В 1901 году отец Никодим выхлопотал у города в безвозмездное пользование землю, на которой планировал устроить сад и огороды. Но в последствии это дело не получило своего задуманного развития.
Когда отец Никодим принял в свои руки училище, его беспокоил тот факт, что при нем не было храма, и ученики не могли участвовать в службах, тем самым забота о духовном воспитании была слаба. Внимательно всё рассмотрев и оценив, отец Никодим представил епископу Владимиру свое мнение о том, что зал для праздничных мероприятий будет более полезен для училища если его переоборудовать в домовый храм. Так как денег для переоборудования ждать было неоткуда, корпорация училища начала денежный сбор еще за долго до начала переоборудования. Так прежним смотрителем училища Дмитрием Семеновичем Луговенко была начата постепенная экономия и собирание средств из выделяемых на содержание училища сумм. Благодаря долголетним сбережениям постепенно собралась сумма, покрывающая оплату на устройство иконостаса и всей утвари. Вскоре начались сами работы. «В этом деле ему (еп. Владимиру) оказывал весьма существенную помощь смотритель училища иеромонах Никодим, близко принявший к сердцу неотложную нужду нашего училища в церкви, и лично надзиравший за всеми производимыми работами». От момента утверждения епископом Владимиром проекта и сметы и до освящения ново устроенного храма прошло несколько месяцев. Освящение домового храма в честь святых равноапостольных Кирилла и Мефодия учителей Славенских произошло 28 января 1901 года. Совершил его Преосвященный Владимир с сослужащими ему духовенством: архимандритом Димитрием (Абашидзе) ректором Ардонской миссионерской духовной семинарии, иеромонахом Никодимом (Кротковым), Членами училищного совета священником А. Богоявленским и священником Дмитрием Беляевым. На освящении присутствовали ученики, преподаватели, почетные лица города, и городское духовенство.
Находясь на ответственном и высоком посту, являлся Членом епархиального училищного совета. Часто служил с правящим архиереем, произносил проповеди. В 1901 году присутствовал на закладке здания школы при Кафедральном соборе, а затем и на ее освящении. Участвовал в общественных епархиальных мероприятиях, и вел назидательные вне богослужебные беседы с народом. Так же пребывая клириком Владикавказской епархии, являлся членом епархиального Михайло-Архангельского братства. В мае 1902 года при совершении праздничного богослужения в училищном храме иеромонах Никодим был возведен в сан игумена.
В сентябре 1902 года Священным Синодом назначен на должность инспектора в Кутаисскую духовную семинарию. Эта весть многих хорошо знавших отца Никодима очень расстроила. Через несколько дней как стало известно о перемещении состоялся прощальный акт на который собрались сотрудники Училища, епархиальное духовенство и должностные лица города. Все выражали искреннее сожаление о случившемся перемещении и озвучивали самые теплые слова на прощание. Как повествуют Епархиальные ведомости, особенно были расстроены ученики училища «Такого обилия слез, такого искреннего, детского горя нам не приходилось до сих пор видеть нигде. Церковь, где служился напутственный молебен, буквально наполнилась детским рыданием, заглушающим молитвословия. Любовь, которая до сих пор невидимо связывала детские души с отцом Никодимом, теперь вылилась в обильных слезах. Неудержимо плакал отец Никодим, успевший сродниться душой с питомцами нашего училища и нашедший в своей душе чистый отзвук таких же чистых детских чувств. Мальчики поднесли своему отъезжающему начальнику образ святых Кирилла и Мефодия и сказали незатейливую, но дышащую простотой и искренностью маленькую речь».
В Кутаисской духовной семинарии отец Никодим пробыл пять месяцев и 8 января 1903 года Священным Синодом поставлен ректором Ардонской Миссионерской Духовной Семинарии во Владикавказской епархии.
Прибыв в Ардонскую семинарию архимандрит Никодим продолжил свои труды с таким же усердием, как и прежде. Семинария при нем была окончательно отстроена и в новом 1904-1905 учебном году все здания стали обживаться и использоваться по своему назначению. Необустроенным оставался только Семинарский храм. Новый Ректор на свои личные средства начал приобретать все необходимое для полноценного начала богослужений в храме. Как только это было достигнуто, Преосвященный Гедеон(Покровский) совместно с архимандритом Никодимом и местным духовенством совершил освящение Семинарского храма и всех зданий самой Семинарии.
На ряду с организацией учебных процессов на плечах Ректора было не мало сопутствующих нагрузок. Так в обязанности Ректора входило руководство в Ардонским отделении Владикавказского епархиального училищного совета. Этот отдел занимался всеми вопросами по организации школ в близ лежащих населенных пунктах, а особенно в горной Осетии. Благодаря отделу было открыто (с нуля) и организовано обучение детей элементарной грамоте более чем в 20 поселениях. Ректор и его помощники должны были всю организацию пропускать через себя. Найти общий язык с родителями детей, чтобы они отдавали их в школы. Многие родители относились к делу обучения грамоте скептически, не видя от нее никакой пользы. Вместо просиживания на уроках необходимо было помогать по хозяйству, а также проблемой являлась плата за обучение детей. Большого труда стоило придти в соглашение с администрацией поселения о выделении земли под строительство школы, и организации финансирования строительства. Кроме того, необходимо было продумать наполнение школы всем необходимым для обучения (парты, библиотека, письменные принадлежности), а также подбор школьных учителей и впоследствии пристальное внимание к их работе, организация за оплату труда учителям и сбор оплаты за обучение с родителей учеников, поиск и контактирование с жертвователями и попечителями школ. Им было освящено(открыто) несколько школ.
Помимо этого, архимандрит являлся Членом Попечительства при Семинарском храме заботящимся о благосостоянии беднейших учеников семинарии. Некоторые желавшие получать образование были бедны и, что бы они могли получать обучение, попечительский совет находил средства на оплату за обучение, выдавал одежду, предметы гигиены и необходимые канцелярские принадлежности.
В этот же период архимандрит Никодим являлся благочинным монастырей Владикавказской епархии. Известно его участие в освящении монастырского храма в Георгиевском женском монастыре, а также участие в освящении храма в Бештаугорском мужском монастыре. Следует отметить, что он принимал участие в выборе игумена из числа братии Бештаугорского монастыря. Во Владикавказском Покровском женском монастыре им был совершен постриг нескольких послушниц в монашеский чин.
В феврале 1905 года архимандрит Никодим в воскресный день сослужил Преосвященному Гедеону в Кафедральном соборе и после этого отправился на свое новое послушание в Псковскую Духовную Семинарию. На этом его пребывание во Владикавказской епархии было окончено.
Впоследствии был поставлен викарным епископом в Кишинёвскую епархию. В революционные годы находился в пределах Киева. Этот период жизни епископа Никодима связан с противостояниями украинским автокефалистам добивавшимся создания независимой Украинской Церкви. Твердо настаивая на позиции сохранения связи с Московским Патриархатом, епископ Никодим являлся главным врагом автокефалистов, его всячески пытались переместить из Украины на территорию России. Вообще вся дальнейшая жизнь владыки Никодима наполнена борьбой и несгибаемостью, которые он стойко и достойно выдерживал. На страницах небольшой газетной статьи все описать невозможно, даже если выделять самые яркие моменты.
Свое упокоение владыка обрел в Ярославской тюрьме, умерев от тягот и мучений. Похоронен в безвестной могиле.
27 марта 1995 года архиепископ Никодим был канонизирован как местночтимый святой Костромской епархии. Прославлен к общецерковному почитанию Архиерейским юбилейным Собором РПЦ в 2000 году.
